En septiembre del año 2000 le informan de que la policía ha encontrado documentación sobre él entre los papeles interceptados en unas detenciones de miembros del comando Buruntza de ETA. En 2004, y por recomendaciones de los expertos, se le asigna una escolta policial. Desde entonces vive con protección.

En mayo de 2006 la policía le informa de que su nombre ha aparecido en unos papeles interceptados a un comando de ETA.

En los últimos cinco años ha recibido cuatro cartas de ETA. El 7 de marzo de 2008 ETA asesinó a su compañero Isaías Carrasco. Ha sufrido un acoso constante. Vive escoltado desde los 27 años.

Fernando Castillo es concejal del PSE-EE en el Ayuntamiento de Durango. El 28 de febrero de 2000, mientras completaba su jornada laboral, unos desconocidos le quemaron el coche. El 4 de junio de ese mismo año, ETA asesinó al portavoz del Partido Popular en el ayuntamiento de Durango, Jesús Mari Pedrosa. En diciembre del 2001, unos desconocidos atacaron la casa del pueblo del PSE-EE en Durango, el tercer ataque en dos años; el último, en 2009

El 12 de mayo de 1980, ETA asesina en el Alto de Azkarate al industrial Ramón Baglietto. En el año 1962 Baglietto había salvado de morir atropellado a quien, 18 años después, acabaría con su vida pegándole un tiro en la sien, el terrorista Kandido Azpiazu. En 2004, Azpiazu y Zuazo son puestos en libertad tras pasar 12 años en prisión. El pueblo de Azkoitia les recibe con un acto de homenaje y el Ayuntamiento les nombra hijos predilectos. En 2006, Candido Azpiazu abre una cristalería en los bajos de la casa donde reside la viuda, Pilar Elías.