En abril de 2001, ETA hace estallar 4 kilos de dinamita en la casa familiar. En aquel momento, su madre, Charo Dorda, era concejal del Partido Popular en Hondarribia. La bomba estalla estando él y su hermana en el interior.

Concejal por el PSE-EE en el Ayuntamiento de Getxo, el 19 de febrero del año 2001 la casa familiar es atacada con cócteles molotov. Desde ese atentado Joseba vive con escolta y su familia ha vivido el hostigamiento permanente por parte de sus vecinos.

El 21 de marzo del 2000, ETA colocó un artefacto explosivo en casa de sus padres. La bomba iba dirigida a él, pero los terroristas confundieron su nombre con el de su padre. A raíz del atentado, decide marchar con su familia a vivir fuera del País Vasco, adonde ha vuelto a comienzos de 2011.

El 8 de agosto de 2000, ETA asesina a su padre, el empresario guipuzcoano José María Korta, fundador de la empresa KORTA S.A. y presidente de la patronal guipuzcoana ADEGI.

El 17 de junio de 1995 un grupo de radicales llena el salón de plenos del ayuntamiento de Hernani. Es el día de la constitución del nuevo gobierno municipal, en el que Rekondo saldría reelegido. Los radicales convierten el salón en una batalla campal, tirando la urna en la que se estaba celebrando la elección del nuevo alcalde y agrediendo a varios concejales. Las situaciones de vulneración sufridas son innumerables.